利用测序手段检测基因组变异

由_COM_GLOBAL_CURRENT_SITENAME本刊作者
发布在29 Jun 2017
一项早期研究评估了一种复杂的基因组测序新方法,它分析晚期癌症患者血液里的无细胞DNA (cfDNA),该方法将有助于开发一种新型测定产品,有望检测最早期的癌症。

这项研究所用测序方法的独到优势是兼具广度和深度:它扫描一大段基因组(508个基因),并对每个位点平均测序6万次。如此前所未有地同时具备广度和深度就可称为“高强度”测序,产生的数据是其它测序方法的约100倍。

图片:一项新研究表明,一种新的基因组测序方法有助于开发癌症早期检测产品(图片蒙Sloan Kettering纪念癌症中心惠赐)。
图片:一项新研究表明,一种新的基因组测序方法有助于开发癌症早期检测产品(图片蒙Sloan Kettering纪念癌症中心惠赐)。

美国纽约Sloan Kettering纪念癌症中心(MSK)的分子生物学家收集了124名可评估患者的血样,他们患有转移性乳腺癌、非小细胞肺癌或前列腺癌。为证实高强度测序方法确实能检测肿瘤,科研小组比较了cfDNA里发现的变异与用MSK-IMPACT(可利用癌症靶体突变的一体化测定)发现的每个人肿瘤组织里的变异。IMPACT是MSK开发的一项功能强大的410个基因的诊断检验,能提供一个人癌症的详细基因组信息,用来分析MSK收治的大多数晚期癌症患者的肿瘤。迄今为止已用MSK-IMPACT测序1万例肿瘤,MSK还开发了一个数据库,名叫cBioPortal,实验数据放在数据库里,供广大科研界使用。

研究人员在三类肿瘤的组织样本中检测到864例克隆和亚克隆基因组变异,其中的627例(73%)是在血液中发现的。克隆变异比亚克隆变异更可能在cfDNA中检测到。参与研究的患者中89%的人肿瘤组织里发现的变异至少有一个也存在于血液中,转移性乳腺癌患者这一比例是97%,非小细胞肺癌患者这一比例是85%,转移性前列腺癌患者这一比例是84%。组织中检测到的大多数可利用突变以前在血液中也检测到过(76%)。

首席研究员、肿瘤医师Pedram Razavi博士说:“这个领域此前研究的重点是利用肿瘤组织测序的知识选择检验无细胞DNA的哪种特定变化,或覆盖适合检测可利用变异的一小部分基因组。但是在癌症的最早期阶段,医生无须知道寻找哪些变异。我们的发现证明,高强度测序方法能以极大把握检测cfDNA大范围基因组内的变化,且无需肿瘤组织的信息。”该研究的论文在2017年6月3日于美国伊利诺伊州芝加哥举行的美国临床肿瘤学会(ASCO)年会上做了宣读。

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Sloan Kettering纪念癌症中心


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